Od svog osnivanja, a posebno tokom poslednje decenije rada, Etnografski institut neguje bogatu saradnju sa naučno-istraživačkim institucijama i ustanovama kulture u zemlji i inostranstvu. Rezultat saradnje ogleda se u intenzivnoj razmeni istraživača, organizovanju međunarodnih skupova uz učešće naučnika iz raznih naučnih disciplina te organizaciji projekata regionalnog institucionalnog povezivanja, što predstavlja
značajan doprinos komparativnoj perspektivi sagledavanja kulturnih promena u zemlji i okruženju.
Saradnja Etnografskog instituta sa Srpskom akademijom nauka i umetnosti je kontinuirano uspešna: članovi Akademije učestvuju u projektima i deluju u telima Instituta – Naučnom veću i Redakciji, a poslednjih godina i u Upravnom odboru. Od 2001. godine saradnja je intenzivirana i sadržajno obogaćena, pre svega zbog nesebičnog angažovanja akademika Dimitrija Stefanovića, akademika Vojislava Stanovčića i akademika Gojka Subotića u Upravnom odboru. Njihova pomoć u kontaktima sa SANU od neprocenjivog je značaja. Intenzivirani su i kontakti sa Predsedništvom i predsednikom SANU, Odeljenjem društvenih nauka, Odborom za međunarodnu saradnju, kao i sa pojedinim članovima Akademije.
Etnografski institut sarađuje i sa srodnim institucijama i ustanovama u Srbiji. Posebno plodnu saradnju Institut ostvaruje sa Filozofskim fakultetom – Odeljenjem za etnologiju i antropologiju. Tradicionalno dobru saradnju Etnografski institut ostvaruje i sa Etnografskim i Narodnim muzejem u Beogradu, kao i sa muzejima u unutrašnjosti.
Posredstvom angažovanja pojedinih istraživača i uz podršku SANU, Etnografski institut je od 2011. godine uključen u projekat primene Konvencije o zaštiti nematerijalnog kulturnog nasleđa Republike Srbije. U cilju unapređenja izdavačke delatnosti, popularizacije nauke i širenja kruga čitalačke publike, Institut od 2011. godine sarađuje sa Javnim preduzećem "Službeni glasnik".
Među institucijama sa kojima sarađuje Etnografski institut nalaze se i strani kulturni centri: nemački, italijanski i ruski.
Bogata međunarodna saradnja Etnografskog instituta SANU realizuje se i kroz međunarodne projekte, studijske boravke i učešće na konferencijama.
Etnografski institut SANU je tokom 2008. godine započeo saradnju sa Internet bibliotekom Srbije za humanističke nauke i umetnost http://ibis.mi.sanu.ac.rs
Cilj IBiS-a je prezentacija srpskog naučnog i kulturnog nasleđa i aktuelne naučne produkcije humanističkih i srodnih nauka široj publici – stručnoj i naučnoj, domaćoj i međunarodnoj javnosti. IBiS predstavlja digitalnu kolekciju naučnih radova sa otvorenim (besplatnim i neposrednim) pristupom, urađenu u skladu sa međunarodnim standardima evropskih digitalnih biblioteka.