Од свог оснивања, а посебно током последње деценије рада, Етнографски институт негује богату сарадњу са научно-истраживачким институцијама и установама културе у земљи и иностранству. Резултат сарадње огледа се у интензивној размени истраживача, организовању међународних скупова уз учешће научника из разних научних дисциплина те организацији пројеката регионалног институционалног повезивања, што представља значајан допринос компаративној перспективи сагледавања културних промена у земљи и окружењу.
Сарадња Етнографског института са Српском академијом наука и уметности је континуирано успешна: чланови Академије учествују у пројектима и делују у телима Института – Научном већу и Редакцији, а последњих година и у Управном одбору. Од 2001. године сарадња је интензивирана и садржајно обогаћена, пре свега због несебичног ангажовања академика Димитрија Стефановића, академикa Војислава Становчића и академика Гојка Суботића у Управном одбору. Њихова помоћ у контактима са САНУ од непроцењивог је значаја. Интензивирани су и контакти са Председништвом и председником САНУ, Одељењем друштвених наука, Одбором за међународну сарадњу, као и са појединим члановима Академије. Етнографски институт сарађује и са сродним институцијама и установама у Србији. Посебно плодну сарадњу Институт остварује са Филозофским факултетом – Одељењем за етнологију и антропологију. Традиционално добру сарадњу Етнографски институт остварује и са Етнографским и Народним музејем у Београду, као и са музејима у унутрашњости. Посредством ангажовања појединих истраживача и уз подршку САНУ, Етнографски институт је од 2011. године укључен у пројекат примене Конвенције о заштити нематеријалног културног наслеђа Републике Србије. У циљу унапређења издавачке делатности, популаризације науке и ширења круга читалачке публике, Институт од 2011. године сарађује са Јавним предузећем „Службени гласник“.
Међу институцијама са којима сарађује Етнографски институт налазе се и страни културни центри: немачки, италијански и руски. Богата међународна сарадња Етнографског института САНУ реализује се и кроз међународне пројекте, студијске боравке и учешће на конференцијама. Етнографски институт САНУ је током 2008. године започео сарадњу са Интернет библиотеком Србије за хуманистичке науке и уметност http://ibis.mi.sanu.ac.rs Циљ IBiS-a је презентација српског научног и културног наслеђа и актуелне научне продукције хуманистичких и сродних наука широј публици – стручној и научној, домаћој и међународној јавности. IBiS представља дигиталну колекцију научних радова са отвореним (бесплатним и непосредним) приступом, урађену у складу са међународним стандардима европских дигиталних библиотека.